Diversos historiadores concuerdan en señalar que la fundación del poblado de Ahome fue el 15 de agosto de 1605, fecha en que llegó a estas tierras el misionero Padre Pérez de Ribas. El Padre comenta en una de sus obras que fue bienvenido con gran júbilo; le organizaron una recepción y fue recibido solemnemente por el cacique del pueblo quien para tan importante ocasión montaba un caballo que le había regalado el Capitán Hurdaida. En su obra Historia de los Triunfos de Nuestra Fe, el Padre relata "La nación Ahome y su principal pueblo, que es de 300 a 400 vecinos, tenía su asiento en una llanada cercada de arcabucos y bosques que le servían de fortaleza y refugio de los asaltos de sus enemigos. Dista cuatro leguas de la mar de California. Goza de lindos valles y terrenos para sementeras y de algunas alamedas".
Pasaron algunos años y la Junta se volvió a organizar formada por Ramón C. López, Arturo A. Cota, Casimiro G. Luque, Epifanio Cota, Carlos S. Vega y 10 personas más; se reunieron en San Blas con el general Alvaro Obregón, con el gobernador de Sinaloa y el jefe de las operaciones militares el Gral. Angel Flores, más algunos representantes del Fuerte y se pactó la independencia de la directoría y es elevada a municipio. El decreto de la Legislatura Local de la creación del municipio de Ahome data del 20 de diciembre de 1916, estableciéndose su cabecera municipal en la Villa de Ahome, y aunque estaba prevista la instalación de este nuevo ayuntamiento para el primero de enero de 1917, no fue sino hasta el día 5 de enero del mismo año en que se llevó a cabo, debido a la instalación del ayuntamiento de Choix el primero de enero, así como los lentos medios de transportación y las malas condiciones en que se encontraban los caminos, hicieron imposible que ambos eventos tomaran lugar el mismo día.
El primero de abril de 1935 el ayuntamiento de Ahome expidió el decreto que solicitaba el traslado de la cabecera y fue sancionado por otro decreto de la Legislatura del estado, expedido el 10 de mayo del mismo año y publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 30 del mes. El traslado se hizo de forma inmediata y sin problemas, quedando así constituido el actual municipio de Ahome con cabecera en Los Mochis.
